如皋市審計局設下列內設機構：

（一）辦公室

承擔市委審計委員會辦公室的日常工作；協(xié)助局領導綜合協(xié)調局機關日常工作；組織有關重要會議；草擬、修改和審核全局性文稿、報告；負責行政、財務、政務公開、機構編制、干部人事、工資福利、資產管理、醫(yī)療保險、后勤服務、安全保衛(wèi)等工作；負責審計調研、審計宣傳、審計信息、機關文電處理、保密、檔案管理等工作；負責局機關黨的建設、精神文明建設、綜合治理及其他政府中心工作；負責局機關工、青、婦工作及離退休干部的管理服務工作。

（二）財政審計督查科

組織審計國家和省和南通市有關重大政策措施貫徹落實情況；負責對市級財政預算執(zhí)行情況和其他財政收支的審計；負責對各鎮(zhèn)（區(qū)、街道）財政預算執(zhí)行情況、決算草案以及非稅資金管理、使用情況的審計；負責草擬、修改、審核市本級財政預算執(zhí)行情況和其它財政收支的審計結果報告及審計工作報告；組織審計市政府相關部門、市級政府管理和其他單位受市政府及其部門委托管理的社會保障基金、社會捐贈資金以及其他有關基金、資金的財務收支；組織開展審計業(yè)務電子數據的采集、驗收、整理和綜合分析利用；組織有關電子政務工程和信息化項目以及信息系統(tǒng)審計；依法組織審計決定執(zhí)行情況，督促整改審計查出的問題。

（三）經濟責任審計科（自然資源和生態(tài)環(huán)境審計科）

受市委組織部或上級審計機關委托，負責組織、協(xié)調對我市市級黨政機關部門、各鎮(zhèn)（區(qū)、街道）黨委政府正職領導干部和國有企業(yè)（公司）及國有控股企業(yè)（公司）的主要領導干部進行任期經濟責任審計和自然資源資產離任審計的實施；負責向本級人民政府及組織人事、紀檢監(jiān)察委等部門提交領導干部任期經濟責任審計結果報告和自然資源資產離任審計報告；負責組織有關經濟責任審計工作的調查研究及規(guī)章、制度、辦法的草擬工作；組織開展自然資源管理、污染防治和生態(tài)保護和修復情況審計。

（四）企業(yè)審計科

負責對市屬國有企業(yè)和市政府規(guī)定的市級國有資產占控股地位或主導地位企業(yè)的資產、負債、損益以及財務收支進行審計監(jiān)督；負責審計市屬駐外非經營性機構的財務收支；負責重大項目的稽察。

（五）行政事業(yè)審計科

負責對市級各部門、事業(yè)單位、人民團體的財務收支進行審計；組織開展行政、事業(yè)單位及有關專項基金 （資金）的審計調查；組織開展農業(yè)農村、鄉(xiāng)村振興以及其他相關公共資金和建設項目的審計。

（六）固定資產投資審計科

負責對市級投資和以市級投資為主的建設項目以及其他關系到國家利益和公共利益的重大公共工程項目的竣工決算審計；對與建設項目直接有關單位的相關財務收支進行審計；組織開展固定資產投資專項審計和審計調查；負責對全市政府投資項目工程結算審計業(yè)務和社會審計機構的管理、協(xié)調、監(jiān)督工作。

（七）內審法制科

負責編制局年度審計項目計劃，組織管理全市內部審計工作計劃；指導、監(jiān)督和管理市級機關部門、各鎮(zhèn)（區(qū)、街道）內部審計工作，推動建立健全內部審計制度，檢查內部審計業(yè)務質量；組織協(xié)調對社會中介機構出具的相關審計報告的核查；負責內部審計人員的業(yè)務培訓和業(yè)務指導工作；協(xié)同有關部門做好內部審計考核工作；參與地方審計、財經規(guī)范性文件研究，負責草擬全市審計制度、規(guī)范、實施辦法等文件；收集整理國家財經法規(guī)，管理審計法規(guī)資料庫；組織實施審計普法教育；審理有關審計業(yè)務事項，監(jiān)督檢查審計業(yè)務質量，糾正違反國家規(guī)定作出的審計決定；負責對重大違法違紀部門線索的移送協(xié)調；承擔機關信訪、行政復議、行政應訴等工作。